Ce relief bathymétrique spectaculaire crée des remontées d'eau qui attirent la mégafaune pélagique et préservent des jardins coralliens épargnés par le ruissellement agricole. Le canal de Pemba, qui sépare Unguja de son voisin septentrional, canalise des courants riches en nutriments qui ont fait de la plongée à Zanzibar un pôle d'attraction pour les requins-baleines, les raies manta et les migrations saisonnières de marlins depuis l'arrivée des premiers opérateurs de loisirs dans les années 1990.
L'atoll de Mnemba, une réserve marine située à douze kilomètres au nord-est de Stone Town, est le pilier de la réputation de la région. Ses parois récifales descendent verticalement jusqu'à quarante mètres, colonisées par des gorgones, des éponges barriques et des coraux durs qui ont survécu à l'épisode de blanchissement lié à El Niño en 1998. La visibilité moyenne est de vingt-cinq mètres durant la saison de la mousson du nord-est, d'octobre à mars, lorsque les efflorescences de plancton attirent les requins-baleines dans le canal. Des sites méridionaux comme Leven Bank et Kichwani Wall proposent des plongées dérivantes le long de tombants vertigineux où les requins gris de récif patrouillent en profondeur et où des bancs de barracudas tourbillonnent dans la thermocline.
Les centres de plongée de Stone Town opèrent depuis Mizingani Road, lançant des semi-rigides et des boutres traditionnels entre 08h00 et 09h00 pour profiter des marées mortes sur les sites au large. La plupart des opérateurs détiennent une certification PADI cinq étoiles et proposent des briefings multilingues en swahili, en anglais et en italien, reflétant l'histoire commerciale de l'archipel. Les amateurs d'épaves ciblent le remorqueur de la Royal Navy, le Pangan, sabordé en 2011 à dix-huit mètres au large de Nungwi, désormais incrusté de coraux mous et fréquenté par des poissons-lions et des pieuvres. Les plongeurs confirmés réservent des croisières vers les monts sous-marins au nord de Pemba, où les regroupements de requins-marteaux culminent en janvier.
Les prix de la plongée à Zanzibar reflètent les normes d'équipement et l'accès aux sites. Les plongées du bord à Kendwa coûtent 50 USD par bouteille, tandis que les sorties en bateau avec deux bouteilles vers Mnemba varient de 120 à 180 USD, matériel et guides inclus. Les forfaits pour la saison des requins-baleines, disponibles de novembre à février, regroupent plusieurs plongées avec des bateaux d'observation dédiés. Les cours de certification ont lieu toute l'année, les programmes Open Water s'étalant sur quatre jours pour un coût de 400 à 500 USD. La thermocline chaude de l'océan Indien — affichant 26°C en moyenne toute l'année — élimine le besoin de combinaisons étanches, bien que des combinaisons de trois millimètres protègent des méduses lors des poussées de plancton.
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